Esta zona tiene una larga ocupación humana desde la última glaciación. Tras su fin hace 10000 años sucesivos grupos humanos han recorrido estos parajes. Tras la invasión inca a Chile, por la zona Cordillerana de Illapel pasó el Camino del Inca en Chile central. Este mismo fue seguido por Diego de Almagro (1536) y por Pedro de Valdivia (1540) para acceder al Valle de Aconcagua y al Valle del Río Mapocho. El 20 de septiembre de 1752 la Junta de Poblaciones del Reino de Chile acordaba estudiar la posibilidad de fundar varias localidades en la zona norte, entre ellas Illapel. Para dar cumplimiento a éste acuerdo, don Bartolomé del Villar, corregidor en ese tiempo de la Villa de San Martín de la Concha, actual Quillota, a cuya jurisdicción pertenecía la ciudad de Illapel convocó a una reunión de los vecinos principales de la zona del Choapa con el objetivo de que indicasen el lugar más apropiado donde iba a asentarse la nueva villa.

Esta reunión se efectuó el 24 de marzo de 1754, y luego de mencionarse varios lugares que se estimaban adecuados, entre ellos las vegas del Marqués de la Pica, al sur de la hacienda, los terrenos de Pintacura, y la parte central del valle de Cuz-Cuz, se optó por este último, es decir, donde actualmente y siempre ha estado ubicada la ciudad. Los acuerdos tomados en la reunión fueron transmitidos poco después por el corregidor del Villar al presidente gobernador del reino don Domingo Ortiz de Rosas, quien, por edicto de fecha 6 de junio de 1754 aprobaba la fundación de la Villa, publicándose dicho decreto, y con todas las formalidades de la época, el 10 de noviembre de ese mismo año.

Al año siguiente, el 8 de febrero, en una reunión de vecinos, éstos acordaron dar a la villa el nombre de San Rafael de Rozas en homenaje a la hija del presidente, doña Rafaela, y se acordaba, al mismo tiempo, levantar una iglesia bajo la advocación del Arcángel San Rafael. La utilidad de esta fundación, cayó pronto en total abandono, por la hostilidad con la que recibieron don Valeriano Gaspar de Ahumada y el Márquez de la Pica, dueño del paraje de Illapel, por cuanto el primero veía en ellos la desmembración de su hacienda y el segundo el menoscabo del feudo y autoridad sobre los habitantes.

En este estado decayó el entusiasmo de los vecinos por levantar sus casas, a excepción de unos pocos que persistían en hacerse propietarios, hasta que enterado don Ambrosio O’Higgins en el terreno mismo, ordeno su inmediata repoblación de la villa San Rafael de Rozas en el decreto publicado el 12 de noviembre de 1788.

Por Real Cédula de 15 de septiembre de 1787, se aprobó todo lo obrado por O’Higgins en este asunto, se le otorgó el título de Villa con el nombre de San Rafael de Rozas, y se les dispensó el uso de un escudo de armas, con las características siguientes: Un cerro cubierto de oro y campo de oro con alas de plata y a su espalda un río, dentro de él un pez plateado. Por orla cinco hoces rozantes en campo rojo, con este lema: “Viscera mea aurea” (Mis entrañas son de oro). El cerro y río aluden a la situación de las villas entre la falda y la ribera del río. El color del campo y vena de oro del cerro indican ser asiento principal de sus ricos minerales de este metal. Las alas y pez en conmemoración de su ángel tutelar y las honces y campos de la orla son el blasón de Presidente Domingo Ortiz de Rozas y García de Villasuso, natural de Incedo de Rozas en el Valle de Soba, Cantabria España.

En 1792, se presentó ante la real Audiencia de Valladolid, la propuesta de escudo para el Término municipal, documento que consta en el Archivo General de Indias de Sevilla – Escudo de San Andrés de Rozas.

Las primeras autoridades de la ciudad y miembros más importantes del cabildo fueron: José Manuel de Gorostizaga, Martin Larraín, Cirilo Ureta, Francisco de Otaola, Bruno de Perea, Andrés Cabanillas, Casimiro Martínez, José del Solar, José Véliz, Manuel Silva, Manuel Rueda, Santiago O’Ryan, José Joaquín Sierra, Agustín Lira, José María Santibañez, Ramón de Undurraga, Manuel Díaz y Benito Charlín. Durante el movimiento revolucionario iniciado en La Serena el año 1852, las tropas que acompañaban a don Benjamín Vicuña Mackenna entran triunfalmente a Illapel. Al llegar, sostienen un sangriento combate en la Aguada, inmediaciones de Cuz-Cuz con las tropas gobernistas de esa época. La superioridad de las fuerzas del sur, pudo más que el idealismo y la falta de preparación, tácticas y recursos de los revolucionarios que fueron totalmente derrotados en esa sangrienta jornada. La avenida de Los Naranjos (hoy llamada Ignacio Silva), era conocida hasta el año 1861 como la Nueva Cañada y estaba totalmente plantada de álamos. Como homenaje al triunfador del Perú se le dio el nombre de Paseo Bulnes (Guerra contra la Confederación Perú Boliviana).

En años posteriores los álamos fueron cambiados por naranjos por el gobernador don José Agustín Valdivieso. La calle Independencia se llamó calle del Rey, la calle Constitución se llamó Ahumada, las demás calles no tenían nombre a excepción de la calle del Bochinche, actual Carrera. A mediados de 1850 se fundó la primera escuela pública de Illapel.

Illapel.-—Ciudad capital del departamento de su título. Está situada en los 31° 38′ Lat. y 71° 09′ Lon. en una suave planicie de la ribera derecha del río de su nombre á 526 metros sobre el nivel del Pacífico, y rodeada por el NO. de unas colinas medianas. En éstas se apoyan sus calles, cortadas en ángulos rectos por otras más largas casi paralelas al curso del río en su parte del frente; son derechas, anchas y de regular huello, aunque algunas un poco inclinadas, dejando hacia el centro una amplia plaza, adornada de árboles. Contiene una iglesia parroquial y otra pequeña, un buen hospital, oficinas de registro civil, correo y telégrafo, cuatro escuelas gratuitas y establecimientos sociales é industriales correspondientes á su población, que llega á 4,703 habitantes. Su clima es templado y muy sano, y sus términos bastante cultivados. En sus inmediaciones se trabajaron á mediados del siglo pasado, ricas minas de oro, lo que trajo su origen y efectuó su formal establecimiento. Fundóse por primera vez en 1752 por el Presidente Ortiz de Rozas con el título de villa de San Rafael de Rozas de Illapel; pero como se había asentado á unos tres kilómetros al N. de su actual sitio en terrenos de Don Valeriano Ahumada y contiguos á los de un señor Irarrázaval, éstos hostilizaron su plantación é impidieron su incremento. Arruinada años después por un incendio, el Presidente Don Ambrosio O’Higgins ordenó el 12 de noviembre de 1788 su reedificación, aunque removiéndola al asiento que hoy ocupa, al cual debían también trasladarse los moradores dispersos en los parajes vecinos de Cuzcuz y Chillamávida. Estas disposiciones, aprobadas por real cédula de 15 de setiembre de 1797, se llevaron á completo cabo por auto de 17 de abril del siguiente año del Presidente Don Gabriel de Avilés. Después á causa del desmedro en años de las minas de oro de sus inmediaciones permaneció estacionaria, y al mismo tiempo impedían su adelanto los indios de sus contornos con asaltos que en ella hacían, como el del 19 de marzo de 1818 acaudillado por uno de ellos, llamado Vicente Paillautu. Mas, desde algún tiempo atrás se hace ya notar por su adelantamiento y mejoras. Tiene el título de ciudad según el reglamento de 13 de marzo de 1867. Dista unos 200 kilómetros hacia el S. de la ciudad de la Serena y 65 hacia el mismo punto de la villa de Combarbalá; deja también á unos 12 kilómetros hacia el S. al río Chuapa y á 50 hacia el SO. al puerto de Vilos. Francisco Solano Asta-Buruaga y Cienfuegos, Diccionario Geográfico de la República de Chile (18972​).

Illapel fue escenario de las luchas políticas que desembocaron en dos guerras civiles. En 1830 en sus alrededores se puso fin a la Guerra Civil de 1829 -1830 en el Tratado de Cuzcuz.

En 1851 las tropas del Ejército del Norte tomaron Illapel al mando de Benjamín Vicuña Mackenna, siendo vencidos por las tropas gobiernistas en la batalla de Cuzcuz (25 de septiembre de 1851).

En la Guerra del Pacífico hubo mucho patriotismo, más el Gobernador Juan de Dios Monárdes presionado por los terratenientes y dueños de minas no envió a los voluntarios al frente de batalla, aunque cobró el dinero por la manutención de reclutas. Fue un incumplimiento directo a un decreto presidencial y a la orden del Intendente de Coquimbo, Antonio Alfonso, quien debió enviar una comisión de enrolamiento que logró su objetivo. Así, junto con los voluntarios que partieron al principio de la guerra, Illapel envió cerca de 300 efectivos como Enrique Ramos Madrid, con posteridad Gobernador, María Quiteria Ramírez, cantinera del regimiento 2° de Línea, Fray José María Madariaga, capellán del batallón “Coquimbo” N° 1, Matías Rojas Delgado, primer alcalde chileno de Antofagasta y los soldados Nicasio Valenzuela y Nicanor Guerra Rojas en la “Esmeralda” el 21 de mayo. Las vidas de estos héroes han sido publicadas en el libro del historiador Joel Avilez Leiva “Participación del Choapa en la Guerra del Pacífico” 1879 – 1884 (La Serena, 2015).

El año 1905, se fundó un Liceo Mixto Fiscal siendo su primer rector y fundador don Fidel Pinochet Le-brun, estuvo en funcionamiento hasta el año 1927. A principio del año 1950, se decretó la creación del actual Liceo, del cual su primer rector fue don Ramón Quintana Carrasco. En abril de 1934 las religiosas de la Compañía Santa Teresa de Jesús abrieron en la ciudad el Liceo de Niñas Santa Teresa.En lo que se relaciona con la prensa local, se puede señalar que el primer periódico de la ciudad fue El Porvenir de Illapel, que ve la luz pública el 12 de septiembre de 1859. El cuerpo de bomberos de Illapel se funda el año 1936, a raíz del incendio que afectó a la antigua iglesia de la ciudad, donde quedó destruida totalmente.En primera instancia se fundó en 1754 terrenos donados por el Marqués de la Pica por don Domingo Ortiz de Rozas, pero fue ubicada en otro sitio. En 1788 fue ordenada su refundación en el lugar que se ubica actualmente por el Irlandés Ambrosio O’Higgins, con el fin de beneficiar a los mineros y hacendados del valle. Actualmente vive de la agricultura y la pequeña y gran minería representada por los Pelambres.

Además es una ciudad muy activa, en la que destacan las tradiciones y su marcado entorno arqueológico, En muchos sectores, como los son Cuz Cuz, Céspedes, Cárcamo o Limahuida por mencionar algunos se pueden observar gran variedad de petroglifos los cuales son adjudicados a diaguitas y molles, los habitantes originarios del sector, además de las edificaciones coloniales.

En su visita podrá conocer la Plaza de Armas, frente a la cual se ubica la Municipalidad. También destaca la Casa Villarroel, las Casas del Mirador, las Casas de La Puntilla y la Iglesia Catedral de San Rafael Arcángel. Rodeada de cerros en la parte más angosta de Chile sitio ideal para la astronomía. Con una gastronomía abundante en donde podrá degustar de los camarones de río y queso de cabra.